军队，在广东、江西和福建的交界处建立了根据地，以汀州为中心，在周边方圆数百里的地区展开了活跃的游击作战。142这一起义的时间显然是经过精心选择的：此时的帝国政府正在全力扑灭满洲和中亚诸藩王的联合叛乱。143

1290年钟明亮的病故使得起义夭折。不久，因为黑龙江地区哈丹叛乱的平定，腾出手来的蒙古军队发动了最终围剿，以堡垒战术将匪区层层围住，并缓慢推进。到了1291年，似乎大局已经注定，明教的残存力量被团团围住，无力突围。但是在钟明亮的弟子石元担任新任教主后，明教的三万精锐军队浴血奋战，终于在包围圈上打开了一个缺口，展开了一次惊心动魄的大转移。

这次史诗般的逃亡历时一年多，行程为两万六千华里（约合6000英里），渡过了几十条湍急的大江，翻越了寒冷严酷的大雪山，经过荒凉的草原和沼泽地区。其行动的规模、路程的遥远、环境的艰苦和意志的坚强在人类历史上罕有其匹。两年后，长途跋涉的明军——此时只剩下三千多人——到达了远在西藏和新疆边界的昆仑山地区，将携带的“圣火”点燃在海拔6880米的布格达板峰上，并将其命名为“光明顶（Vertex Lucis）”。在此之后，光明顶熊熊燃烧的圣火成为每一个明教徒心中信仰的最高支撑。在这次远征中受到磨炼的一批青年战士，如阳顶天、殷天正等人，成为明教在下个世纪中兴的领导人物。

此时海都在中亚的反叛给了明教以喘息的机会。由于西北叛王在中亚的进攻，元军不得不临时将围攻光明顶的军队调到千里之外的塔里木河流域作战，直到1304年双方签订停火协议为止。明教趁机坐收渔利，迅速恢复和巩固了自己的力量。一劳永逸地摧毁明教的最佳时机一去不复返了。

忽必烈于1294年死后，他的孙子成宗铁穆耳维持了十一年相对平静的统治。1307年，在成宗驾崩后，帝国因帝位继承问题陷入了长期的中衰和不时的内战，在接下去的二十五年中，先后有八个皇帝登上帝国的最高宝座。在长期内斗中，帝国的统治机构日益溃烂