已彻底覆灭，清廷可以腾出手来对付东南部的敌人们。多尔衮的弟弟多铎率领大军南下，首当其冲的是在山东东部的袁承志“山宗”军团。此地自1643年的泰山会议以后就被袁承志部下的山宗及山东盗匪集团所占领，在鼎盛时期大约有两万人的军队，其中包括许多知名武术家。在离开北京后，袁承志不久后来到这里，成为一支独立军事力量的首领。在西部流窜的大顺政权和南京重建的明政权之间采取了暧昧的态度。

在1645年春，既然清朝南下的趋势已经越来越明显了，袁承志和史可法的军队也结成了抵抗清军的联盟，八旗军对山宗军的几次进攻都被击退，但袁承志的实力也损耗很大，仅能自保，而无力援救南方。很快他和南明政府的联系就被南下的清军分隔开来。

袁承志最初还抱希望于和史可法联合，对清军进行腹背夹击，但南明的孱弱出于他的意料。这一临时政府在内部党争和兵变的折磨下仅能勉强维持自己的存在。清军前锋在5月中旬到达扬州附近，于19日夜里开始攻城，第二天城防就被攻破。史可法被擒获后拒绝投降，被多铎处死。在随后十天里清军实施了残酷的抢劫、奸污和屠杀，据当时人们估算，有八十万人死于这场臭名昭著的屠城。

这次屠城也是对企图抵抗者的警告，南京政府透彻地理解了这一点。此后多铎大军没有再遇到严重的抵抗，到了6月16日，南京打开城门向多铎投降。出逃的弘光帝被俘虏，并于次年被处决。

在摧毁了号称明朝正统的南京政府后，多铎开始腾出手来对付山东的袁承志，在其向南方进军时后方曾受到后者的严重干扰。在当年夏天，袁承志的军队在山东沿海地带被清军层层围困，他高明的武术造诣在此作用甚微。在袁承志濒临绝境时，渤海派的首领洪胜海调来了一批船只，带着袁承志和他的亲随离开中国大陆，远赴南中国海。在那里，他们抢夺了西班牙人所占据的、狭长的巴拉望岛（Palawan），此地在今天仍然以风光美丽而著称。222据说后来郑成功在1659年的南京战役时曾经和他联系，但袁承志已经满足于在海外