，太祖对在鄱阳湖中拯救过他生命的周颠较有温情，或者较为惧怕。他曾经派人在庐山附近寻找周颠，但没有结果。在1393年他为周颠写了一部传记，称赞周颠的神奇事迹，不过小心翼翼地抹去了明教的痕迹。不管怎么说，周颠没有再和他见面。

在对残余的亲明教势力进行残酷清洗的同时，明政府也禁止明尊信仰本身。在太祖亲自制定的《大明律》中规定：

凡师巫假降邪神，书符咒水，扶鸾祷圣，自号端公、太保、师婆名色，及妄称弥勒佛、白莲社、明尊教、白云宗等会，一应左道乱正之术，或隐藏图像，烧香集众，夜聚晓散，佯修善事，煽惑人民，为首者，绞监候；为从者，各杖一百、流三千里。171

最后，明教这两个字也被严禁提起。明帝国政权的起源成为了最高的机密，而朱元璋取得帝位，则被形容为是“天命所归”的结果——一种传统的儒家式表述。

然而，在太祖生前，明教的诅咒仍然长久影响着明帝国的中枢机构。从其统治中期开始，太祖开始进一步杀戮在明教时期曾是自己战友的功臣。1380年丞相胡惟庸被处死，受牵连被杀的多达三万人。1390年，最早追随他的李善长被迫自杀，其全家也被杀戮；常遇春本人在1369年死去了，但在1393年他的妻弟蓝玉将军被杀，一万五千人随之遇害。徐达于1385年病故，但民间长期怀疑他是被太祖所赐的一只鸭子毒死的。无疑这些功臣都深知这位开国之君在明教时代的真实地位和毒辣行径，这一点令皇帝坐卧不安，只有尽可能多地杀戮才能确保秘密不会泄露。

明教并非太祖唯一的担忧。在更广阔的江湖网络中，武当、少林、丐帮等各大集团仍然拥有广大的势力范围和许多桀骜不驯的武术家。这些是对新生的明朝统治的严重威胁。但朱元璋全力镇压明教之余，并不愿意冒和诸大门派同时为敌的风险。即使在南京的深宫中，皇帝也无法保证自己能够免于张三丰或少林武术僧侣的刺杀。因此在朱元璋时期，对于武术世界采取了宽容的态度。

但是，朱元璋也不敢冒险去对这些危