但在此过程中，袁崇焕越来越发现毛文龙的皮岛是他的障碍，这一独立的军事单位不仅不听命于他，而且还有和后金相互串通的嫌疑。在1629年7月袁崇焕以思宗的名义处死了毛文龙，将皮岛占为己有。许多忠于毛文龙的武术家愤然出走，他们后来成为渤海上的海盗，创立了所谓的渤海派。

即使除去了毛文龙，袁崇焕的计划也未能成功。毛文龙死后不久，在1629年10月，皇太极设法绕过了他的防线，带领八旗军从蒙古地区突破燕山，直抵北京城下。后金军队的突然出现令明朝政府感到了恐慌：本来满洲人还只被认为是遥远的边境问题，而现在他们出现在帝国的核心。袁崇焕率军救援首都，在北京城外挡住了皇太极的进攻，后者在蹂躏北京周边后及时撤退。但袁崇焕再也没有重获皇帝的信任。思宗认定后金军队能够顺利入关，与他的通敌行为有关。袁崇焕随后被逮捕，并于1630年秋以极度残酷的刑罚被处死，据说北京居民曾吃他的肉来泄愤。209

袁崇焕的家人都和他一起被处死，但他的忠实部下设法营救了他的幼子袁承志，并组建了一个秘密的反对党“山宗”。这一秘密集团和许多武术世界势力相联系，并深刻影响了明朝最后十多年的政局和武术世界局势。凭借山宗的关系，袁承志被送到华山，成为武术大师穆人清的最后一个门徒。

在袁崇焕死后，皇太极将目标转向了对蒙古的征服，从1632年开始，皇太极向成吉思汗的子孙、蒙古的最后一个大汗林丹发起攻击。两年后，林丹汗在战败后死去，内蒙古地区基本被后金征服。在臣服了蒙古人后，皇太极在1636年进一步宣布自己为皇帝，将“大清”作为新政权的国号，将女真各部落统一称为“满洲”，并组建了仿效明朝的官制。这一僭越的行径表明，皇太极不会只满足于辽东的土地，其最终目标是征服整个中国本部。

1637年，明朝在辽东最后的据点皮岛被满洲人所攻占。第一个登岛的是27岁的青年将领鳌拜（1610年—1669年），据说明军将士没有人可以抵挡他的进攻。鳌拜因此被赐予“巴图鲁（