武帝被俘，很快死于囚禁中。
永历政权的寿命要长得多。它在云南的明朝黔国公沐天波和原张献忠部下农民军的支持下长期继续下去，甚至一度占领西南数省，看来不无恢复的希望。不过在清朝的反复围剿下，永历政权所占领的地域逐渐收缩到云南一隅。在1659年初吴三桂率清军进入云南，永历帝逃亡到缅甸，但是被缅甸人囚禁，沐天波也被缅甸士兵所杀。1662年，缅甸在清朝的压力下交出了永历帝。吴三桂为了向清廷表明自己的忠诚，亲手用弓弦将永历帝绞死。223朱氏王朝的皇帝序列自此彻底终结了。
从清朝入关到永历帝之死之间的十八年，并非只是明朝终结的漫长尾声，而也深深影响了清代的武术世界。满清的剃发和屠杀使得民族仇恨的种子深深种下，明朝统治时期的弊端很快被遗忘了，在人们的印象中变成了一个逝去的玫瑰色时代，思宗和永历帝等不幸的帝王被长久哀叹和纪念，而几名战乱中失踪的皇子则被认为仍在人间。“反清复明”成为武术世界所普遍赞同的口号，虽然并非所有人都有这样的决心，但普遍对此不无同情。此后长达一个多世纪的武术世界反清运动在这些峥嵘岁月中已深深扎根。虽然随着时间的流逝而有时沉寂，但从未被遗忘，直到清朝的灭亡仍然能听到回响。
清世祖的统治；神龙教兴起
清朝统治中国的第一个皇帝福临，即清世祖或称顺治帝（1643年—1661年在位），登基时只有六岁，大部分政策出自他的叔叔多尔衮之手。随着清朝统治逐渐的巩固，多尔衮不仅为自己取得了“皇帝之父”的头衔，而且开始筹划将皇冠戴到自己头上，在孝庄太后的请求下才没有立刻进行——据说这一请求是在床上进行的。随着时间的推移，摄政王篡夺皇位的迹象日益明显。对世祖来说幸运的是，多尔衮在1650年就暴毙而死，死后他的小集团被皇帝逐步清除。两年后世祖剥夺了多尔衮的一切荣誉，甚至他的尸体也从地下被挖出来斩首。直到乾隆时期才部分恢复了其名位。当世祖亲政后，便展开一系列改革，主要依赖汉族的精英官员洪承畴和陈名夏