命为辅政大臣。四位大臣之首的索尼（1601年—1667年）是一个多病的老人，苏克萨哈因为曾经是多尔衮的部下而被孤立，懦弱的遏必隆则听命于鳌拜，最后导致了权力逐渐向鳌拜一边倾斜。

自从1637年的皮岛登陆之后，鳌拜以其非凡的勇力在多次重大战役中都立下了卓越的功劳，被誉为“满洲第一勇士”。他最大的功绩是在四川战场上亲自斩杀了与李自成齐名的大西王张献忠。239鳌拜持反多尔衮的立场，因此世祖在掌权后就将他视为可靠的忠臣，让他进入权力中枢，并让他升任镶黄旗旗主。但反讽的是，在被提升为辅政大臣后，鳌拜却迅速收揽了帝国的行政权力，变成了另一个多尔衮。

和其他辅政大臣一样，鳌拜致力于打压汉族官员的权力，而巩固满洲贵族的势力，但他的作法比其他人更为极端。在1663年鳌拜进行了臭名昭著的庄廷鑨一案的审判。庄廷鑨是浙江南浔镇的一个富有的盲人和历史爱好者。在顺治时期他买到了一部关于明朝历史的残缺手稿，但由于眼盲无法亲自审阅，遂请来一批知识分子加以补充和修订，想要纂修一部权威的明朝史。对庄廷鑨来说不幸（或者幸运）的是他在这部著作得以出版前就病死了。他的父亲以他的名义出版了这部遗作，并且由于文化水准低下而没有发觉其中的政治问题。这部由南方汉族知识分子纂修的著作中沿用了南明叛逆政权的年号并且对清朝有许多攻击，因而在汉人知识圈中流传，最后被一名叫做吴之荣的地方官员告发。

吴之荣的告密最初毫无反响，因为汉族官员们普遍对此同情而加以庇护，但事情最终被鳌拜所知，他发现这对于压制汉族官员是一个极好的契机，于是对有关人员进行了残酷的惩罚。不仅庄氏家族被满门屠杀，而且参与编撰的人员、刻字的工人乃至买书的读者，只要被发现的都被斩首。大约有七十多人死于这次迫害，许多涉案的汉族官员也被撤职和判刑。

对于清朝来说，这次案件是自顺治时期以来满洲和汉族官员斗争的继续，鳌拜的铁血镇压为他在满洲强硬派贵族中争取到了越来越多的支持者。