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海大富查到了世祖在五台山的清凉寺修行。毛东珠在他死前得知了这一重大机密，并传回神龙教，而西藏的格鲁派喇嘛们从神龙教那里得到了这一消息。因此对于清朝中枢来说，现在一个甚至比鳌拜专权更大的危机出现了：谁掌握了这位“已故的”皇帝，就能给北京政府以巨大的压力，甚至能令它听命于自己。
圣祖在几个月后才从桂太监那里得知这一消息，并且也依稀知道了太后对自己的威胁。为了弄清楚这件事，他命令桂太监去五台山秘密寻访世祖。之所以秘密进行显然是因为圣祖不希望引起地方上的谣言和骚动，但这一决定未免过于冒险了：此时神龙教和西藏格鲁派双方的大批力量已经向五台山方面开拔。
五台山之役：西藏、少林与清廷
在十四世纪末，宗喀巴大师（1357年—1419年）进行宗教改革，开创了藏传佛教的格鲁派，他的两名弟子被认为可以在人间不断转世，因此形成了达赖和班禅两个世代相传的活佛系统。格鲁派的影响迅速扩大了，但在此后几个世纪内，这一改革教派并未掌握西藏的大权，反而经常受到其他宗派的打压。五世达赖罗桑嘉措（1617年—1682年）秘密地请求青海的蒙古和硕特部落进入西藏，推翻了当时的噶玛政权，在1642年建立了一个新政权，由格鲁派的主要活佛和在西藏的蒙古汗王共同统治，新政权的首都重新回到了松赞干布时代的都城拉萨。245在1652年，西藏和中国本部开始以更紧密的方式联系起来了。此时清帝国已经巩固了它在中国本部的统治，因此五世达赖认为有必要与这一新政权建立和睦的关系。当年年底，五世达赖进行了长途旅行，到北京朝见世祖，皇帝亲自出迎，以极高的典礼接待了他。五世达赖在北京渡过了几个月的愉快时光，然后在第二年离开北京返回拉萨。但吸引了大批信众并留下了一些西藏僧侣在北京的庙宇里。
五世达赖年轻的弟子和卫士桑结嘉措（1633年—1705年）曾随同他一起前往北京。北京的繁荣与富丽给了这位后来西藏最高行政官以很大的诱惑。