这一新组建的天地会核心开始向新疆进发，并在当年冬天到达。此时清朝定边将军兆惠的军队正在和“小和卓”霍集占木卓伦（Khoja I Jahamujorun，简称霍集占）的叛军交战。天地会遂加入了这场本来与自己无关的战争中。

在准噶尔人的鼎盛时期，当地的各伊斯兰民族被其奴役。在喀什和叶尔羌一带，被俗称为回部的维吾尔人是其中之一。自17世纪以来，回部的领袖一向出自被认为是穆罕默德后裔的“和卓（Khoja）”家族，但这一代的“小和卓”霍集占长期被准噶尔人囚禁在伊犁。2991755年，当清军消灭准噶尔后，就释放了他。高宗认为霍集占将会因此衷心感激清廷，对他加以优待，鼓励他返回自己的祖地叶尔羌，招抚回部服从清朝的统治。

但这并不是霍集占本人的想法。当他返回故地后，受到回部人民的拥戴，于是决心自立为王，这给了高宗一记重重的耳光，他在1758年命令兆惠率军征讨回部。兆惠则打算用“柔性”的方式解决问题，当他听说和卓家族尊奉一部从麦加传下的《可兰经》为圣物时，就派人偷来，以此逼迫霍集占投降。这一头脑简单的做法却更加给霍集占以起兵抗清的口实，当年5月，清军的蒙古副都统阿敏道被霍集占抓获后杀害。兆惠将经书送往北京，而霍集占则派他的儿女霍阿伊（Khoja Ali）和霍青桐（Khoja Kingdom）跟踪兆惠派遣的车队，去夺回经书。

汉族复国主义者们对于回部的反清活动一向颇感同情，甚至认为有利于他们推翻清朝统治而推波助澜。许多抗清的武术家，包括“天山的鹰夫妇（Hawk Couple of Mountain Heaven）”即陈正德与关明梅夫妇，以及曾是关明梅前男友的“古怪之侠”袁士霄都居住在天山，即11世纪逍遥派的故地，当地自昔日的“儿童婆婆”之后，仍然有间或的武术传承，陈正德夫妇的武术来源或许与之有关。而此时在回部中也出现了阿凡提（Nasreddin，生卒年不详）这样卓越的武术大师，成为富有地方特色的西北武术群落。