此时在北京政府中，由于思宗顽固地拒绝借助满清的力量剿灭李自成，以宦官曹化淳（1589年—1662年）为代表的势力被多尔衮所收买，正在密谋废除思宗而另立亲清朝的诚亲王，以设法保持明朝残余的统治。为此他们甚至请来了以毒理学研究著称的云南五毒教，此教在蓝凤凰之后从日月教中独立出来，在云南的少数民族中很有根基。

袁承志发现只有思宗继续在位，才能阻止他最不想看到的满清入关。在思宗的女儿长平公主（1629年—1735年）的劝说下，袁承志暂时放弃了刺杀思宗的计划，甚至不得不反过来对他加以保护。五毒教的内斗给了他分化对方的机会，他慑服了五毒教主何铁手，感化她成为自己的弟子。因此，曹化淳利用部分织锦衣服卫队和五毒教发动的废帝政变之乱也被挫败了，不过因为思宗的愚蠢，曹化淳本人竟得以脱罪。

但思宗和明帝国没有喘息的余地，目前已经到了最后关头。面对李自成大军的逼近，如果不向长期的敌人满清寻求庇护，唯一的出路就是逃到南方地区。但由于山东和河北的盗匪集团在袁承志的动员下全面反叛并切断了南北交通线，即使南逃，到达南京的机会也很渺茫。因此思宗否决了南迁的建议，只能等待奇迹发生。使得情况更为严重的是，此时在华北发生了严重的鼠疫，北京城中也有近半数人死亡。211北京事实上已经毫无抵抗之力。

李自成的军队在1644年4月21日进入居庸关，几乎没有遇到有组织的抵抗就到达北京城墙下。袁承志在4月24日为李自成打开北京城门，让他得以长驱直入。思宗得知噩耗后陷入癫狂状态，杀死了自己的皇后和几名嫔妃，长平公主被斩断了一条手臂，但被袁承志及时救走。212在李自成的部下到达禁宫前，思宗在宫外的一座小丘陵上自缢而死。袁承志怀着复杂的情感将他的尸体带回了宫中。

现在李自成成为了北京的新主人，他由农民和盗匪组成的军队遂开始疯狂而短视的劫掠，最初是拷打官僚和巨富，要求他们交出收藏的财富，但很快就变成对居民和商店无差别的抢劫。