分实力。但圣祖不会再给这个强悍的敌人以复苏的机会。他于1696年亲自率90000人的大军深入蒙古草原，追击噶尔丹。噶尔丹只剩下了大约5000人的军队，但他和阿琪亲自冲锋在前，所向披靡，仍然给清军很大的压力。最终在昭莫多战役中，噶尔丹仍然不可避免地惨败了，阿琪死于战场。第二年，他在被包围的绝望中服毒自尽。
噶尔丹死后，他和桑结嘉措的秘密勾结终于被清廷所知悉，圣祖发现了五世达赖早已在十四年前死去，愤怒地写信谴责桑结嘉措。事情曝光后，桑结嘉措不得不在1697年另立了六世达赖，亦即著名的诗人仓央嘉措。不过这并不能使他免于成为众矢之的。虽然圣祖暂时对他无能为力，但占领西藏的蒙古和硕特部对他已经忍无可忍。在1705年，和硕特部的拉藏汗攻入拉萨，杀死了年老多病的桑结嘉措。桑结的部下逃亡准噶尔，请求新任的准噶尔大汗、噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦派兵进入西藏。在1716年，准噶尔人占领了西藏。但在1720年代，清帝国又击败了准噶尔，派军队护送圣祖所册封七世达赖格桑嘉措进入西藏，将青藏高原纳入自己的直接统治之下。
在噶尔丹和桑结嘉措的时代之后，西藏和新疆地区仍然有半个世纪的时间陷入战争和纷乱中。不过对于清帝国和圣祖来说，这些只是漫长的余波，真正迫切的危险已经缓和了，令人头疼的问题反而在北京的宫廷之中。
康熙末年的政局；天地会的余波
当18世纪到来时，随着圣祖迈过五十岁，已经用血与火巩固起来的清帝国面临的核心问题已经越来越明显，即当这位英雄大帝离世时，谁将继承这个庞大帝国。圣祖对他早年所确立的太子胤礽越来越不满意，在1708年宣布将其废黜，后来一度恢复，又很快再次废去。缺乏太子的情况使得已经长大的皇子们对最高的皇冠充满了渴望。因此，一场暗流汹涌的竞争在圣祖统治的最后十多年中展开了。在竞争的诸皇子中，第四子胤禛、第八子胤禩和第十四子胤禵是最有希望的。胤禩被文臣们所拥戴，被尊称为“八贤王”，胤禵最为年轻，